Vuoden 2016 kampanjansa aikana Hillary Clinton joutui toistuvasti puolustelemaan itseään niin sanotussa sähköpostikohussa. Poliittiset vastustajat pitivät kohua todisteena siitä, että Clinton on epärehellinen ja korruptoitunut poliitikko sekä epäsopiva presidentiksi. Kohu tuli julki jo maaliskuussa 2015. Tuolloin ulkoministerinä toiminutta Clintonia syytettiin henkilökohtaisen sähköpostipalvelimen käytöstä, joka oli ulkoministeriön ohjeistuksen vastaista. Clintonin olisi pitänyt käyttää ministeriön omaa palvelinta muun muassa tietoturvasyistä.

Clinton vastasi syytöksiin luovuttamalla sähköpostitietonsa ministeriön sisäiseen selvitykseen. Pian kuitenkin selvisi, että yli 30 000 sähköpostia oli poistettu palvelimelta, joka sijaitsi Hillaryn kotona. Antamansa lausunnon mukaan Hillary oli todennut, ettei enää tarvitse kyseisiä viestejä ja päätti avustajineen hävittää ne. Kaikkien hävitettyjen sähköpostiviestien väitettiin olevan Hillaryn henkilökohtaisia viestejä. Sähköpostien hävittämisen uskotaan tapahtuneen jossain vaiheessa maaliskuun lopulla 2015.

Koska Hillary ei käyttänyt ministeriön palvelinta, heräsi myös kysymyksiä, kuinka paljon hän oli lähettänyt salassa pidettävää materiaalia serverinsä kautta. Clinton vastasi, ettei yhtään. FBI ilmoitti kuitenkin löytäneensä satakunta viestiä, joista 65 oli “salaisia” ja parikymmentä “huippusalaisia”.

Tutkinnan ajan Hillary perusteli menettelyään mukavuudella, sillä hänestä oli helpompi kantaa mukanaan yhtä laitetta, joka oli BlackBerry-puhelin. Myöhemmin kuitenkin tuli julki, että Hillarylla oli käytössään myös iPad. Tutkinnan myöhemmässä vaiheessa Hillary oli avoimesti pahoillaan tapahtuneesta. Hänen mukaansa oli mahdotonta kontrolloida kaikkea, mutta vakuutteli presidenttikampanjansa aikana, että töitä käsittelevät viestit menivät omalle serverilleen ja henkilökohtaiset toiselle.

Heinäkuussa 2016 FBI totesi, että vaikka Clinton oli käyttänyt väärää serveriä, ei häntä vastaan nostettaisi syytteitä. Clintonin vastustajien, Trumpin etunenässä, mukaan tämä oli todiste siitä, että FBI halusi Hillaryn voittavan vaalit ja lopetti tutkinnan auttaakseen tätä. Trump uhosi, että mikäli hän voittaa vaalit, Hillaryn tutkinta aloitetaan uudelleen ja tämä vangitaan. Trump oli vakuuttunut, että sähköpostien hävittämisen taustalla oli yritys varmistaa, ettei Hillarylla olisi luurankoja kaapissaan ehdokasasettelun päätyttyä.

Kun tutkinta päätettiin aloittaa uudelleen lokakuussa 2016, pidettiin sitä puolestaan FBI:n yrityksenä auttaa Trumpin kampanjaa. Vaikka FBI ei päätynytkään aikaisemmasta poikkeavaan lopputulokseen, Clinton piti tutkinnan uudelleenavaamista häntä vastaan nimenomaan masinoituna. On siis vaikea nähdä, että FBI olisi ollut suoraan jommankumman ehdokkaan puolella. Clintonin sähköpostikohu on joka tapauksessa herättänyt enemmän kysymyksiä kuin antanut vastauksia.